好氧堆肥是在有氧条件下，好氧微生物对废物进行吸收、氧化、分解。微生物通过自身的生命活动，把一部分被吸收的有机物氧化成简单的无机物，同时释放处可供微生物生长活动所需的能量，而另一部分有机物则被合成新的细胞质使微生物不断生长繁殖，产生出更多的生物体的过程。在有机物生化降解的同时，伴有热量的产生，因堆肥工艺中该热量不会全部散发到环境中，就必然造成堆肥物料的温度升高，这样就会使一些不耐高温的微生物死亡，耐高温的细菌快速繁殖。生态动力学表明，好养分解中发挥主要作用的是菌体硕大、性能活泼的嗜热细菌群。该菌群在大量氧分子存在下将有机物氧化分解，同时释放出大量的热量。根据好氧堆肥过程应伴随着两次升温，将其分成三个阶段;起始阶段、高温阶段和熟化阶段。

起始阶段：不耐高温的细菌分解有机物中易降解的碳水化合物、脂肪等，同时放出热量使温度上升，温度可达15―40℃。

高温阶段：耐高温细菌迅速繁殖，在有氧条件下，大部分较难降解的蛋白质、纤维等继续被氧化分解，同时放出大量热能，使温度上升至60―70℃。当有机物基本降解完，嗜热菌因缺乏养料而停止生长，产热随之停止。堆肥的温度逐渐下降，当温度稳定在40℃，堆肥基本达到稳定，形成腐殖质。

熟化阶段：冷却后的堆肥，一些新的微生物借助残余有机物（包括死后的细菌残体）而生长，将堆肥过程最终完成。

从发酵历程来看分一次发酵和二次发酵。好氧堆肥的中温、高温两个阶段的微生物代谢过程称为一次发酵，它指从发酵初期开始，经中温、高温然后达到温度开始下降的整个过程，一般需20-25天，以高温阶段持续时间较长；二次发酵指经一次发酵后，堆肥物料中的大部分易降解的有机物已被微生物降解，但还有一部分易降解和大量难降解的有机物存在，需将其和并堆放进行二次发酵，使其腐熟。整个发酵周期需时2个月左右。

影响堆肥发酵的因素很多，但是进入发酵过程后，堆肥的水分、渗透性（气）、温度(温)便成为关键因素，所以通常把水、气、温称为堆肥三要素，三者相互影响，互为关联。概括表述为：通透性调节是基础，水分调节是关键，温度是保证。

工艺流程

污泥好氧堆肥发酵总的工艺流程是首先将秸秆布垛粗粉按照要求的C/N加污泥，一般污泥与秸秆的初次混合不加水，因为污泥的含水量较高（一期处理含水量约85%，二期处理约90%），而秸秆由于经过一段时间的堆放也有较高的含水量。以喷洒的方式加入好氧发酵及除臭的菌种，用专业的翻抛机混匀粉碎，此时进入好氧堆肥的一次发酵期，开始在垛体上插入温度计（插在垛体的中上部和中下部），对发酵温度变化进行监测。参考温度的变化约每隔6天翻抛一次，保证通氧。翻抛3-4次后垛体体积约减少1/3，将发酵程度相当的两垛进行合并，合并原因一是由于体积减小不利于其继续发酵；二是占用不必要的场地。合并后进入二次发酵期，同样对温度进行监测，这期间约每隔一星期翻抛一次，翻抛三次起垛。再进行后期的加工处理，成为成品肥出售。